民國59年成立獸醫學系，於民國71年成立獸醫學研究所，招收碩士班學生，民國79年大學部擴大招生成立雙班，民國82年起招收博士班研究生。民國69年興建完成並成立家畜醫院，提供學生各種動物疾病診療實習。民國84年家畜醫院更名為獸醫教學醫院 。民國83學年度成立獸醫微生物學研究所，招收碩士班學生，民國90學年度招收博士班學生。民國87學年度成立獸醫病理學研究所，於97學年度更名為獸醫病理生物學研究所。民國88年教育部正式核准通過本校成立全國第一所獸醫學院。民國92學年度獸醫公共衛生學研究所招收碩士班研究生。民國92年成立動物疾病診斷中心。獸醫公共衛生學研究所及獸醫微生物學研究所，於98年8月1日起整併為微生物暨公共衛生學研究所。
獸醫學院目前計有獸醫學系、獸醫病理生物學研究所及微生物暨公共衛生學研究所三個教學研究單位，與獸醫教學醫院及動物疾病診斷中心二附屬單位。教學方面大學部以臨床教學為導向，以配合現代社會發展需求，著重學生對伴侶動物、經濟動物的醫療能力訓練，同時也加強人畜共通疾病、分子生物及實驗動物領域之研究。而本院鼓勵教師組合成教學研究群，由具相關專長的老師共組課程教學群，共同分擔所有必修課程的教學任務，各研究所的老師也參與獸醫系必修課程的授課，藉此形成多個授課團隊並可進行合作交流計劃，期使學生能有效率吸收各專業師資的專門知識與研究經驗，以達成培養具誠樸精勤精神之動物臨床醫學、動物預防醫學、動物基礎醫學人才為目標。
獸醫學院除培養優秀動物醫學人才外，並持續強化各附屬單位之功能，獸醫教學醫院及動物疾病診斷中心之運作與全院師生緊密配合，使教學研究更為完善，提昇國內動物醫療與研究之實力，以達國際水準。
